I. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:
a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ được khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ % giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng so với tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra;
c) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ;
d) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí được khấu trừ toàn bộ;
đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:
a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu;
b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng;
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung ứng dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu.
Việc thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.
II. Các trường hợp hoàn thuế
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý.
3. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
4. Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế đối với hàng hóa mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh.
5. Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo được quy định như sau:
a) Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án;
b) Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ không hoàn lại, tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho hàng hóa, dịch vụ đó.
6. Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
7. Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
III. Hóa đơn, chứng từ
1. Việc mua bán hàng hóa, dịch vụ phải có hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và các quy định sau đây:
a) Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng; hóa đơn phải được ghi đầy đủ, đúng nội dung quy định, bao gồm cả khoản phụ thu, phí thu thêm (nếu có). Trường hợp bán hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng mà trên hóa đơn giá trị gia tăng không ghi khoản thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán ghi trên hóa đơn nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng, trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này;
b) Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng sử dụng hóa đơn bán hàng.
2. Đối với các loại tem, vé là chứng từ thanh toán in sẵn giá thanh toán thì giá thanh toán tem, vé đó đã bao gồm thuế giá trị gia tăng.